初期十年间，南京国民政府在边疆民族事务管理方面基本形成了一套事权分散的边疆民族事务管理机制。从行政管理机构而言，蒙藏委员会是南京国民政府管理蒙藏边疆民族事务的最高机构，但并不统筹管理全国各边疆民族事务。1927年9月，国民党中央特别委员会第一次会议通过的《国民政府组织决议案》中尚未有边疆民族事务管理机构设置的内容。1928年2月4日，国民党第二届中央执行委员会第四次会议通过的《中华民国国民政府组织法》中第七条有蒙藏委员会为国民政府所设职能部门之一的规定。3月3日，国民党中央执行委员会第120次常务会议通过《中华民国政府蒙藏委员会组织大纲》，21日国民党中央政治会议第 133次会议修正通过《国民政府蒙藏委员会组织法》，明确规定了蒙藏委员会的行政地位和相关职能：直隶于国民政府，掌理审议关于蒙藏行政事项；规划关于蒙藏之各种兴革事项。蒙藏委员会组织结构简单：委员会由5至7名委员组成，并指定1人为主席；下设秘书、蒙事、藏事三处，各得酌量分科办事，其科长、科员员额由蒙藏委员会呈请国民政府核定。该组织法还规定了蒙藏委员会行政活动的主要内容：每两星期至少开常会一次。需要注意的是，该组织法专门提出“本法称蒙藏者，指未曾改设行省及特别区之蒙古、西藏地方”。（注：《中华民国史档案资料汇编》，第一编政治(五)，江苏古籍出版社1994年版，第1页。）显然，此处西藏是指西藏地方，不包括散居于其他省区的藏族；蒙古应指外蒙古，而非已分散于各省或特别区的内蒙古各盟部旗。可是，在实际管理过程中，蒙事则主要以内蒙古各盟旗为对象，西藏地方事务未真正纳入直接管理范围，而其他藏区事务也并未真正排除于蒙藏委员会的关注范围。由此而知，当时国民政府对边疆民族事务管理的基本状态并未统筹考虑，除蒙藏地方以外的其他边疆少数民族事务尚未以边疆民族事务的形式纳入政府管理视线，蒙藏委员会相关职能设计也未覆盖蒙藏以外各边疆民族事务。比如，1928年底，在热河口北、直隶永平的旗民认为旗产久为庄头把持，军阀贪官中饱，请求派员清理时，政府只是令内政部、财政部办理，与蒙藏委员会无涉。（注：参见《行政院公报》，第四号，训令。）
    从蒙藏委员会委员的构成看，委员们不是地方军阀，就是蒙藏上层。1928年6月，国民党中政会第144次会议通过决议，任命张继、白云梯、刘朴忱、罗桑囊嘉、格桑泽仁、刘继淹等七人为蒙藏委员会委员，同时派员前往北平接收北京政府蒙藏院。7月11日，白云梯等人宣誓就职，委员会直隶于国民政府。（注：参见戴逸主编：《中国近代史通鉴》，第八卷，红旗出版社1997年版，第256页。）12月27 日，阎锡山、恩克巴图、班禅额尔德尼、李培天、诺那呼图克图等被任命为蒙藏委员会委员，特任阎锡山为第一任委员长。（注：参见《行政院公报》第十号，府令。）12月31日增设赵戴文为蒙藏委员会委员，指定为副委员会长。该委员会于1929年2月1日正式成立，马福祥、石青阳、黄慕松、吴忠信、罗良监、许世英等先后任该委员会委员长。
    蒙藏委员会的职能在十年间也有过一些细微的变化。1932年7月25日，国民政府公布了修正的《蒙藏委员会组织法》，最重要的特点在于扩大并细化了蒙藏委员会管理蒙藏事务的权限，变更了蒙藏委员会的隶属关系，此后蒙藏委员会归属行政院领导。另外，在职能方面，此前的蒙藏委员会组织法只赋予蒙藏委员会“掌理和审议”有关蒙藏行政事项的职能，而对于蒙藏各项兴革事项只是“计划”，修正的组织法则直接使用了“掌理”一词，从文意上理解，蒙藏委员会直接掌理相关事项，而不仅仅限于“审议”和“计划”；修正的组织法扩大了委员会名额，设委员长、副委员长各1人，委员15至21人。这一组织法还细化了蒙藏委员会行政活动时间，并规定了与其他各院、部、会间业务上的联系，以及内部组织结构。更为重要的是规定了蒙藏委员会委员应每年轮流分往蒙藏各地视察。（注：参见《中华民国史档案资料汇编》，第一编政治(五)，第2—4页。）同年12月，国民党四届三中全会议决蒙藏委员会委员长制改为常务委员制，并将该委员会的职能定为参与制定蒙藏地区施政纲领并协助其施行；调查蒙藏地区情况，革新行政制度；兴办教育，帮助蒙藏地区实现自治等。在设立蒙藏事务最高管理机构的同时，从1932年始，国民政府将蒙藏事务行政经费也列入专门的经费预算，此后至抗战前，每年经费预算额在130万元至180万元之间。（注：参见《国民政府财政金融税收档案史料(1927—1937年)》，中国财政经济出版社1996年版，第260页。）
    国民政府建立初期十年间，蒙藏委员会共设置了九个直属机构，（注：即1929年设置的驻北平办事处、蒙藏招待所、北平蒙藏学校(将原北平蒙藏学校更名后继续开办)，1932